Друзья, только что нашел и исправил ошибку из-за которой многие файлы не загружались на сайт.
С тех пор, как была обнаружена это ошибка несколько раз перенастроил веб сервер полагая, что ошибка в неправильном конфигурации. Причина оказалась простой - во всем оказался виноват плагин для загрузки аватаров. Оказалось, что этот плагин настолько глуп (проклятия и оскорбления в адрес автора я высказал устно), что ограничивал не только размер загружаемых аватаров, но и всех файлов, которые загружались не администратором. У меня как админа этих ограничений не было, поэтому ошибку я не сразу заметил.
Из-за этих ограничений сайт не загружал файлы размер которых превышал 600KB. Сейчас можно загружать файлы до 12MB.
